Na década de 1950, São Paulo estava em pleno crescimento, especialmente os bairros da Lapa e Alto de Pinheiros, na região oeste. Ali foi o local escolhido para a instalação, tanto de um hospital, quanto de uma escola. No entanto, a Secretaria da Educação não aceitou a proposta de funcionamento de atividades de natureza tão diferentes no mesmo local.

Nessa época, a Vila Beatriz era periferia do bairro de Pinheiros e começava a desenvolver-se com a construção da Avenida Faria Lima, da Rua Cerro Corá e com novos empreendimentos na City Pinheiros e na City Lapa. Poucos casebres e muitos terrenos baldios faziam, então, parte dessa paisagem.

A integração Escola-Família, característica própria do Colégio Santa Clara, se faz sentir quando um grupo de pais funda a A.P.M. (Associação de Pais e Mestres) e realiza a primeira Festa Junina.

No ano de 1966, Irmã Mª Ezelinda Ribeiro assume a Direção do Externato Santa Clara.

Investimento...
A montagem do Laboratório de Ciências e a construção do Ginásio de Esportes contam com a grande participação dos pais (APM) dos alunos do Externato Santa Clara.

Em 1976, inaugura-se o Auditório, novo espaço para a arte em todas as suas formas de expressão.

Mudança de nome de Externato Santa Clara para Colégio Santa Clara. Alteração também na logomarca, símbolo usado até 2022, quando a logomarca foi redesenhada, com novo e modernizado conceito. A partir de 1979 a Diretora foi a Irmã Maria Aparecida Paccola.

Em fevereiro de 1987, inauguram-se as salas destinadas aos alunos do Ensino do 2º Grau. No ano seguinte, em 1988, Ir. Maria Letícia G. Domingues assume a direção do Colégio Santa Clara.

O Laboratório de Ciências Biológicas, Física e Química é ampliado e completamente reformulado.

Foram construídas a sala de reuniões e também a sala de artes.

A educação para a cidadania só pode ter como objetivo promover a solidariedade.

Minha Escola é notícia! O Colégio Santa Clara foi destaque, ficando em 3º lugar entre as melhores escolas em São Paulo, conforme a Revista Veja SP. Íntegra, em Imprensa, ano 2001

Os professores e a equipe pedagógica do Colégio participam do 3º Seminário Internacional de Educação. Philippe Perrenoud e Mônica Gather Thurler, professores da Universidade de Genebra, Suiça, desenvolvem temas que já têm sido objeto de estudo nas reuniões pedagógicas do Colégio Santa Clara.

A Irmã Maria Cecília Dias Pimentel assume a Direção do Colégio Santa Clara, após longo período da Ir. Geracina na Direção.

A Irmã Maria Marta Bellini assume a Direção do Colégio Santa Clara, após 3 anos da Ir. Cecilia Dias Pimentel na Direção. No mês de janeiro houve a reforma do estacionamento, do jardim e do visual de entrada do Colégio. O visual ficou mais moderno e o jardim mais bonito com destaque à imagem de Santa Clara em novo pedestal em vidro temperado, muito sugestivo, dando uma impressão de leveza e de elevação. Arquitetura e o design clean, junto com as flores e plantas são o destaque da nova entrada.

Instalação de mais telões e aparelhos multimídias embutidos, com reforma dos forros. Os investimentos contaram com recursos do Colégio e da APM. Foram instalados aparelhos e telões nas salas de aula que ainda não possuiam, sendo que agora, praticamente 100% das salas de aula do Ensino Fundamental l, ll e Médio, possuem aparelhos multimídia, com telão, computador, caixas de som e internet. Instalação nas férias de julho.
Além das salas de aula, foi substituído o forro dos banheiros e parte dos corredores, bem como parte da rede elétrica. Também foi instalado um sistema de monitoramento com câmeras para segurança interna.
Em 16/02/2011 deu-se INÍCIO das CELEBRAÇÕES do CINQUENTENÁRIO de FUNDAÇÃO do COLÉGIO SANTA CLARA.

Houve uma 2ª Visita da Madre Geral, Ir. Ana Muscat, à Comunidade Educativa e Irmãs do Colégio Santa Clara.
No dia 24 de outubro a Madre Geral, Ana Muscat, Superiora da Congregação das Irmãs Franciscanas Missionárias do Coração Imaculado de Maria, visitou novamente o Colégio Santa Clara. Ela já havia estado aqui em março de 2010.
Dirigiu a palavra aos educadores em reunião. Ouviu a recitação de um poema da literatura brasileira e agradeceu a acolhida. Ficamos muito felizes e entusiasmados com sua presença. Ela ficou de 22 a 24 de outubro entre as irmãs e depois partiu em missão e visita aos demais lugares em que as irmãs se fazem presentes pelo mundo.
Em 2013 foi realizada também uma reforma da Biblioteca “Franchelim Nolla“, sendo colocados equipamentos de ar condicionado e por isso as aberturas, porta e janelas também foram substituídas, assim como os computadores para as pesquisas e trabalhos dos alunos.
Em dezembro, como parte final dessa modernização da Biblioteca, foi implantado o Sistema Pergamum, da PUCPR.

As reformas, ampliações, melhorias e inovações sempre marcam o início ou o meio do ano.
Reforma geral em todos os jardins e áreas verdes, árvores e gramados, flores e canteiros que permitem a interatividade e convivência dos alunos com a natureza. Revigorar a planta para que embeleze ou dê frutos é um ato de consciência ecológica e de educação ambiental.
Colocação de aparelhos multimídia, com telões e computadores e internet em toda a Educação Infantil. Agora todas as salas de aula possuem telões multimídia e um computador acesso à internet instalados para uso dos professores e todos os alunos da escola.
Troca dos computadores e monitores do Laboratório ll, de uso do Ensino Fundamental l e Educação Infantil. As melhorias facilitam os trabalhos dos professores e dos alunos, para o bem da educação, além de favorecer o aprendizado em relação ao uso das novas tecnologias, o aluno aprende de forma lúdica e divertida o que em breve, será seu instrumento de pesquisa e trabalho.
Novos computadores e monitores do Laboratório l, de uso do Ensino Fundamental ll e Ensino Médio.
As melhorias facilitam os trabalhos dos professores e dos alunos, pois o acesso rápido à informação de forma moderna e atualizada, além de favorecer o aprendizado em relação ao uso das novas tecnologias, prepara o aluno para seu futuro profissional, o qual será detentor desses recursos, dominando-os e aplicando-os no mundo do trabalho do futuro.
Reforma na Sala de Reuniões, com instalação de divisórias móveis, favorecendo seu uso total ou em duas salas multiuso menores. Foram criadas duas salas com corredor, entradas e saídas próprias e independentes. Facilita o uso em recuperações e atividade de grupos menores quando em uso da divisão ou para grupos ou reuniões maiores, se retiradas as paredes móveis.
As janelas antigas de todas as salas de aula estão sendo retiradas e trocadas por aberturas modernas, mais amplas e em alumínio. Facilitam a ventilação e iluminação natural, gerando economia de energia sem o uso de luminárias ou ventiladores. Venezianas externas favorecem escurecer a sala, caso seja necessário, para a visualização da tela numa projeção de filme, vídeo ou apresentação de conteúdos das aulas.

No início do ano de 2017 foi feita uma realocação das catracas, sendo colocadas entre a porta de madeira e o portão/grade de ferro, sobre a calçada.
Com essa melhoria, houve a ampliação do espaço do saguão interno, ajudando tanto para circulação, quanto na organização da entrada e saída dos alunos. Um dos lados ficou pra entrada e outro para saída, em especial, no horário próximo das 13 horas, em que há maior movimento. Como já havia sido criada a outra opção de saída, próxima ao parque infantil e salas do Fundamental l, foi feita também uma organização do fluxo para cada grupo de alunos, facilitando o deslocamento para todos.
Além disso, foi aberta uma nova Sala de Espera na saída, em especial para os alunos menores e em dias de chuva. Está próxima às catracas e ao lado oposto da Biblioteca, ao lado do saguão de entrada. Possui livros infantis, gibis e alguns jogos para uso dos alunos, sempre com coordenação e supervisão dos funcionários do setor.
As melhorias no Pátio interno, agora com rampa e elevador de acesso facilitado para todas as situações, o Colégio colocou cortinas tipo toldo para evitar que o corredor fique molhado e escorregadio, em dias de chuva. Funcionários encarregados do setor, além de colocar tapetes e sinalização, descem a proteção, dando mais segurança para quem circula pelos corredores.
No Bosque o que houve foi um embelezamento, com colocação de bancos de cimento para sentar, em formato de bichinhos, aves ou animais. Além disso, outros pequenos detalhes, uma casinha na árvore, um poço, muitas orquídeas, flores e outras plantas dão um toque especial ao ambiente de convivência junto ao coreto.
Para solucionar um dos problemas da região, as constantes quedas de energia elétrica, o Colégio instalou um gerador de grande potência, que em poucos segundos passa a substituir a ausência da energia da rede externa, possibilitando a continuidade das atividades básicas, essenciais para a sequência das aulas e outros setores internos.

Em janeiro de 2019, enquanto professores estão em período de recesso e os alunos curtem as férias de final de ano, o Colégio adapta as benfeitorias, moderniza seus espaços educativos e renova equipamentos didáticos ou pedagógicos para que, na volta às aulas, todos possam usufruir das novidades e dos investimentos do Colégio.
Neste início de ano o Colégio trocou todos o computadores do Laboratório l de Tecnologias Educacionais, passando os antigos computadores para o Laboratório ll de Informática e os antigos de lá foram doados para a Obra Social de Campos do Jordão - SP, uma das obras assistenciais mantidas pela Associação das Irmãs, pertencentes à Mantenedora do Colégio Santa Clara.

Mais um ano de Pandemia da Covid-19, Sars-Cov 2, Coronavírus, com a qual foi iniciado o período de distanciamento social, dia 23 de março de 2020.
Os alunos do Colégio Santa Clara passaram a usar o Meet do Google para aula síncronas, via internet, no sistema híbrido, mesclado, pois havia alguns alunos por sala no presencial e outros no remoto, fazendo rodízio por grupos/bolhas por semanas. Os professores todos passaram a estar sempre no presencial, mas ficou opcional aos aluno estar no remoto ou no presencial.
Em parceria com a ForEducation Edtech foi finalizada a implantação para todos os níveis/cursos, desde a Educação Infantil até a última série do Ensino Médio. Assim sendo, todas as ferramentas do Google Sala de Aula (Classroom) e demais aplicações do pacote Google G-Suite Enterprise passaram a estar disponíveis para toda a escola. Os alunos da Educação Infantil ao 3º ano do Ens. Fundamental l, também passaram a utilizar a nova plataforma Google logo no início do ano letivo, migrando dos Blogs, que eram usados para as postagens das aulas até fins de março.
Para o próximo ano, muitas novidades estão sendo preparadas, pois iniciará o período estendido para a Educação Infantil até o 5º ano do Ens. Fundamental, no contraturno das aulas, com diversas atividades, cuja escolha de quantas tardes e quais ocupações os filhos terão, é de livre escolha das famílias, com honorários variados, dependendo das opções feitas. Além destas oficinas, haverá robótica e outras modalidades culturais, musicais, teatrais e esportivas à escolha, para treinos e futuras apresentações ou competições representando o Colégio.

Em 2023 houve a reforma e readequação da nova recepção da entrada social, junto à entrada pela Rua Livi, 456. Também foram feitas melhorias no acesso, controle e segurança aos colaboradores, prestadores de serviço e demais visitantes.
Do mesmo modo a sala de espera para as visitas recebeu novo visual e poltronas, bem como, mural que reconta a história com algumas fotos em preto e banco.
Além disso, houve a implantação da robótica como parte integrante do currículo das aulas do Ensino Fundamental Anos Iniciais (2º ao 5º ano).
Novas oficinas pedagógicas, educativas e esportivas foram oferecidas para os períodos do Contraturno e as Atividades Extracurriculares opcionais.